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A Fundep atua como interface junto às entidades e agências de financiamento e fomento à pesquisa, sejam elas públicas ou privadas, nacionais ou internacionais, no levantamento de oportunidades, na assessoria à elaboração de projetos de pesquisa e de propostas de prestação de serviços, na negociação de convênios e contratos, e no gerenciamento administrativo-financeiro de recursos.