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Os LIMs foram criados em decorrência da Reforma Universitária de 1969 (Lei de Diretrizes e Bases da Educação Nacional) e implantada em 1970, que proibiu a duplicação de departamentos com mesmos objetivos em uma mesma cidade. Assim, os departamentos de ciências básicas das escolas profissionalizantes foram agrupados em institutos específicos. Para que a pesquisa básica fosse mantida, houve a celebração de um convênio entre o Hospital das Clínicas e a Faculdade de Medicina da USP